2019年卫健委临床检验中心室间质评开展的基因检测项目清单及意义

一、核酸检测（病毒学）

1、乙型肝炎病毒核酸HBV DNA

临床意义

①HBV-DNA是乙肝病毒存在直接的依据，HBV-DNA是乙肝病毒复制的标志，评价乙肝病毒复制水平，传染性强弱、药物疗效的指标。
②乙肝病毒感染的诊断，HBV-DNA阳性是患者具有传染性的标志，HBV-DNA对乙肝两对半起补充作用。
③HBV-DNA是目前判断乙肝抗病毒药物疗效敏感的指标，评价乙肝病毒复制水平、传染性强弱的指标。
④HBV-DNA可检测出隐匿性慢性乙型肝炎。

2、丙型肝炎病毒核酸HCV RNA

临床意义

①HCV是输血后肝炎和散发性非甲非乙型肝炎的主要病原，HCV感染可导致慢性肝炎、肝硬化和肝细胞癌等多种肝脏疾病。

②HCV-RNA检测用于丙肝病毒感染的早期诊断，鉴别丙肝病毒的活动性和复制程度。 
③HCV-RNA定量可及时估计应答情况、及时调整疗程以及指导用药，为疗效观察及预后判断提供客观指标。
④弥补ELISA方法的高漏检率，HCV-RNA可作为HCV感染诊断的指标。
⑤抗-HCV阳性而血清中没有HCV-RNA提示既往感染，在血清中检测不到HCV-RNA并不意味着肝脏没有病毒复制。
⑥免疫功能低下，抗-HCV阴性仍可检测到HCV-RNA，此类患者适宜采用HCV核心抗原或抗原-抗体联合检测试剂进行检测。

二、核酸检测（非病毒)

1.结核杆菌TB DNA

临床意义

①结核杆菌感染的快速诊断，结核杆菌因其培养周期长，临床很难采用培养方法进行结核杆菌感染的快速诊断，而采用PCR方法，则可以做到这一点，如通过对痰、血液、淋巴液、脑脊液、胸腔积液、腹水等标本中结核杆菌的PCR检测，可快速诊断肺结核、结核杆菌菌血症、淋巴结合、结核性脑膜炎、结核性胸腹膜炎等。
②抗结核治疗的监测，在抗结核治疗中，采用PCR方法定期检测，可评价抗结核药物的疗效。
③要注意临床“假阳性”问题，PCR检测的是病原体核酸，不管结核杆菌是否为活细菌，PCR均能检出，在经抗生素治疗一个疗程后，建议两周后再做PCR检测，以避免临床假阳性。

2、沙眼衣原体CT DNA

临床意义

 ①结果呈现阳性时表示存在CT相关病原体核酸,在排除以下几种因素后可确诊为CT感染:①在CT的诸多检测手段中,PCR方法所检测靶物质为核酸,不受标本生物活性的限制,对于已经死亡的病原体仍可检测出来,即感染后药物治疗有效的情况下,患处仍会有少量已死亡的病原体存在。应在停药2周后进行检测,若在用药期间进行病情的监测,则应与临床症状相结合,必要时应用培养方法进行确诊。②PCR反应检测的靶物质为核酸,如果操作不慎造成样本之间的污染,则可能出现假阳性的情况,需要样本的运送和操作都要严格按照规程进行。
②当检测结果呈现阴性时,表示无CT感染,但仍需要排除以下几种因素:①排除PCR抑制物导致的假阴性现象,在结果的认定上需要注意。②耐药引起的基因突变也会导致扩增的失败,出现假阴性结果。在临床体征和症状很明显而多次PCR检测均阴性的情况下,要考虑这种情况的发生。

3、淋球菌NG DNA

临床意义

NG DNA检测对淋病的早期诊断、治疗、防止慢性感染有重要价值。细菌培养尽管是“金标准”,但烦琐费时,临床采用实时荧光PCR方法可很好的解决淋病奈瑟菌感染快速诊断的问题,尤其适用于泌尿生殖道感染的早期诊断及无症状的携带者的检测。

三、人乳头瘤病毒基因分型

人乳头瘤病毒 
-HPV-6、-11、-16、-18、-31、-33、-35、-39、-42、-
-44、-45、-51、-52、-53、-56、-58、-59、-66、-68和-81型

临床意义

HPV广泛存在,人类的HPV感染率很高。在临床上,根据HPV亚型致病力大小或致癌危险性大小不同可将HPV分为低危型和高危型两大类。低危型HPV主要引起肛门皮肤及男性外生殖器、女性大小阴唇、尿道口、阴道下段的外生性疣类病变和低度子宫颈上皮内瘤,其病毒亚型主要有HPV6、11、30、39、42、43型及44型。高危型HPV除可引起外生殖器疣外,更重要的是引起外生殖器癌、宫颈癌及高度子宫颈上皮内瘤,其病毒亚型主要有HPV16、18、31、33、35、45、51、52、56、58型和61型。80%的子宫颈癌是由16、18、31、45这4型HPV引起。尽管有近百种HPV亚型,但临床上最重要的有HPV6、11、16、18、31、33、35、38型8个亚型,是引起肛门外生殖器尖锐湿疣和宫颈病变的主要HPV亚型。

四、巨细胞病毒核酸

巨细胞病毒核酸

临床意义

①巨细胞病毒常引起肺炎及器官移植病人的感染，为HCMV感染的早期诊断和鉴别诊断提供诊断依据。
②定量测定CMV-DNA，有助于HCMV感染者抗病毒药物治疗的疗效检测监测。
③可用于器官移植、免疫缺陷患者、抗肿瘤治疗中HCMV感染的监测，器官移植后由于免疫抑制剂的使用，免疫缺陷和恶性肿瘤患者抗肿瘤治疗造成免疫系统损伤，检测这些患者CMV-DNA，有助于及时采取相应的治疗措施，避免严重后果。
④可用于死胎、畸胎、流产、低体重儿、婴儿肝炎综合症的病因学研究。
⑤用于CMV与肿瘤的关系研究:现认为CMV与宫颈癌、睾丸癌、前列腺癌、Kaposi肉癌、成纤维细胞癌、Wilms瘤与结肠癌等肿瘤的发生有关。

EB病毒核酸检测

临床意义

①EB病毒是传染性单核细胞增多症的主要致病原,鼻咽癌、伯基特淋巴瘤、免疫低下或缺陷者B淋巴细胞恶性肿瘤、霍奇金病和移植后恶性淋巴瘤等均有阳性 。
②EB病毒DNA检测是EB病毒感染的辅助诊断，和其他肿瘤标志物联合检测，可有效提高鼻咽癌检出率，做到鼻咽癌的早发现，早诊断，早治疗。

EGFR突变

临床意义

①预测药物疗效：EGFR是HER/ErbB家族信号通路的首要分子，吉非替尼、厄洛替尼等小分子TKI进入细胞内，直接作用于EGFR胞内的激酶区，干扰ATP合成，抑制酪氨酸激酶的活性，阻断激酶的自身磷酸化及底物的磷酸化，彻底阻断异常的酪氨酸激酶信号传导，从而阻止配体介导的受体及下游信号通路的激活，阻滞细胞在G1期，促进凋亡，抑制新生血管形成、侵袭和转移，达到治疗的作用。小分子TKI的疗效与EGFR基因突变密切相关，是TKI疗效预测因子。
②预后评价：根据是否使用EGFR-TKI对肺癌切除后患者进行预后分析，EGFR敏感性突变并服用TKI的患者至少在单因素分析中有预后良好的趋势。但是，EGFR基因突变与女性、非吸烟者等这些传统的预后良好因子有交叉，只分析基因突变进行预后评价几乎是不可能的。

KRAS突变

临床意义

西妥昔单抗和帕尼单抗均通过直接抑制EGFR从而发挥抗肿瘤的作用，在结直肠癌和头颈部癌的靶向治疗中都有肯定的效果。西妥昔单抗治疗的有效性受其下游基因KRAS状态的影响，突变型的KRAS无需接受上游EGFR信号即能够自动活化该通路并启动下游信号的转导。只有KRAS基因野生型的患者才能从抗EGFR的治疗中获益，而突变型的患者则不能。

BRAF突变

临床意义

①BRAF是位于KRAS下游级联信号通路上的一个重要蛋白，当BRAF基因发生突变后，其编码生成的蛋白产物无需接受上游信号蛋白的活化便始终处于激活状态，启动下游细胞信号转导途径，引起细胞增殖，从而使EGFR抑制剂西妥昔单克隆抗体和帕尼单克隆抗体等疗效减弱或无效。
②BRAF基因可作为患者预后评价的独立性指标，BRAF V600E突变患者呈现预后更差的趋势。

③BREF V600E基因突变的黑色素瘤患者对维罗非尼治疗有效。

PIK3CA突变

临床意义

 ①PIK3CA突变的肿瘤细胞对EGFR或ERBB2通路的靶向药物拉帕替尼（Lapatinib)会产生耐药性。
②研究表明HER2靶向治疗药物赫赛汀对PIK3CA基因突变的人群疗效欠佳。
③单抗类EGFR抑制剂（西妥昔单抗、帕尼单抗）和拉帕替尼药效预测。

C-KIT基因突变检测

临床意义

①辅助诊断和预测疗效：伊马替尼是一种酪氨酸蛋白酶抑制剂，能阻断酪氨酸蛋白激酶KIT受体功能，从而抑制肿瘤的形成。已有研究证实，C-KIT基因突变的位置能影响肿瘤患者对伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂的反应。通过检测C-KIT基因的突变状态，协助GIST诊断，也可以进一步的明确诊断CD117阴性的患者，诊断家族性GIST，评价小儿GIST，指导化疗，预测化疗效果。          
②预后评价：当C-KIT基因第11外显子发生突变后，患者预后较发生于C-KIT基因其他外显子或PDGFRA基因突变的患者或者未检测到C-KIT基因或PDGFRA基因突变的患者预后更差。来源于小肠或结肠的GIST如发生C-KIT基因第9外显子突变，较发生C-KIT基因第11外显子突变者更具有侵袭性。

PDGFRA基因

临床意义

①辅助诊断和预测疗效：伊马替尼是一种酪氨酸蛋白酶抑制剂，能阻断酪氨酸蛋白激酶KIT受体功能，从而抑制肿瘤的形成。已有研究证实，PDGFRA基因突变的位置能影响肿瘤患者对伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂的反应。研究表明，PDGFRA基因外显子12和外显子18大部分基因位点突变后使用伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂治疗时GIST患者可从中获益。但如外显子18基因位点发生D842V、RD841-842KI或D1842-843IM突变使用伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂治疗时GIST患者不能从中获益。
②预后评价：当PDGFRA基因发生突变后，肿瘤侵袭性较发生于KIT基因突变的患者侵袭性低。

EML4-ALK融合基因检测

临床意义

①ALK抑制剂克里唑替尼能够作用于该基因的下游信号传导通路并拮抗其促肿瘤生成活性，其II期临床试验中客观缓解率为64%，疾病控制率为90%，疗效显著。
②预测药物疗效：EML4-ALK融合基因阳性的NSCLC患者接受以铂类为基础的化疗，其有效率、疾病进展时间和总生存期与EGFR突变或同时包含EML4-ALK融合基因EGFR野生型的NSCLC患者相似，相反，EML4-ALK融合基因者不能从TKI的基础治疗中受益，表现为耐药，结果与无EGFR基因突变的患者相似。
③预后评价：携带EGFR基因野生型肺腺癌患者，EML4-ALK融合基因预示患者的总生存期更长。

HER2基因

临床意义

HER2基因扩增状态是乳腺癌患者预后判断及制订有效治疗方案的先决条件，对乳腺癌的诊疗具有重要的指导作用。
（1）预后评价：研究显示，HER2基因的过表达除了与肿瘤的发生发展相关外，还是一个重要的临床预后指标，主要表现为HER2基因扩增的乳腺癌浸润性强、无进展生存期(progress free survival、PFS)短、预后差。而且这部分患者就诊时的肿瘤负荷更大，淋巴结转移的几率更高，激素受体阴性的比例更高、组织学分级更差、肿瘤的增殖指数更高、复发风险更高。但没有证据显示HER2基因扩增与导管原位癌( ductal carcinoma in situ，DCIS)的预后相关。
（2）内分泌药物疗效预测：研究显示，相对于无HER2基因扩增的乳腺癌患者而言，HER2基因扩增的患者应用他莫昔芬治疗后的死亡风险明显增高，因此这类乳腺癌患者可能不适合选择他莫昔芬作为内分泌治疗，而且HER2基因扩增的乳腺癌患者对CMF化疗方案的反应性降低，宜采用高剂量的蒽环类药物方案。
（3）靶向药物疗效预测：大量临床研究数据提示，使用曲妥珠单克隆抗体等治疗乳腺癌时，无论是与常规化疗联合用于乳腺癌患者的辅助治疗，还是用于辅助治疗后的维持治疗，及用于晚期乳癌患者的单药或联合治疗，都能肯定改善HER2基因扩增或蛋白过表达患者的生存，使乳腺癌患者获益。
即使在使用曲妥珠单抗治疗过程中出现疾病进展而需要进一步治疗的乳腺癌患者，继续使用曲妥珠单抗治疗仍然有效。而对于HER2基因低度扩增或不扩增的乳腺癌患者，使用曲妥珠单抗疗效不佳。

MGMT基因甲基化检测

临床意义

①疗效预测： MGMT启动子发生甲基化的患者明显比未发生甲基化的患者使用烷化剂的疗效好，其总体生存率和无进展生存率更高。MGMT启动子区甲基化对胶质瘤一线化疗药物TMZ治疗胶质瘤的化疗疗效具有预测价值，且是独立的预后较好的指示指标。MGMT启动子未甲基化者从TMZ常规治疗方案中获益较小，应对这类患者采用更有效的有助于克服耐药的其他化疗方案。
②预后评价：40%脑胶质瘤患者有MGMT启动子甲基化，甲基化程度越高，预后越差，其对肿瘤的预后和生存期的预示作用较肿瘤的分级、临床、年龄等其他特征更有效。

五、NIFIY/NIPT

外周血胎儿染色体非整倍体（T21、T18和T13）高通量测序检测

临床意义

1.无创DNA产前检测技术仅需采取孕妇静脉血，利用新一代DNA测序技术对母体外周血浆中的游离DNA片段（包含胎儿游离DNA）进行基因测序，并将测序结果进行生物信息分析，可以从中得到胎儿的遗传信息，从而发现胎儿21号、18号、13号染色体是否存在非整倍体异常。
2.适用人群：
①血清学筛查显示胎儿常见染色体非整倍体风险值介于高风险切割值与1/1000之间的孕妇；
②有介入性产前诊断禁忌证者（如先兆流产、发热、出血倾向、慢性病原体感染活动期、孕妇Rh阴性血型等）；
③孕20+6周以上，错过血清学筛查最佳时间，但要求评估21-三体综合征、18-三体综合征、13-三体综合征风险者。
3.慎用人群：
有下列情形的孕妇进行检测时，检测准确性有一定程度下降，检出效果尚不明确；或按有关规定应建议其进行产前诊断的情形。包括：
①早、中孕期产前筛查高风险；
②预产期年龄≥35岁；
③重度肥胖（体重指数>40或体重>100千克）；
④通过体外受精——胚胎移植方式受孕；
⑤有染色体异常胎儿分娩史，但除外夫妇染色体异常的情形；
⑥双胎及多胎妊娠；
⑦医师认为可能影响结果准确性的其他情形。
4.不适用人群：
有下列情形的孕妇进行检测时，可能严重影响结果准确性。包括：
①孕周<12+0周；
②夫妇一方有明确染色体异常；
③1年内接受过异体输血、移植手术、异体细胞治疗等；
④胎儿超声检查提示有结构异常须进行产前诊断；
⑤有基因遗传病家族史，或提示胎儿罹患基因病高风险；
⑥孕期合并恶性肿瘤；
⑦医师认为有明显影响结果准确性的其他情形。

六、人获得性免疫缺陷病毒感染的个体化分子检测

1、HIV-1RNA检测

临床意义

①辅助诊断：HIV抗体检测结果不能进行明确诊断时，RNA的测定结果可帮助提供HIV感染早期或终末期的证据。如HIV感染母亲所生小于18个月龄的婴儿，不同时间的两次HIV核酸检测均为阳性即可作出诊断。
②指导抗病毒治疗及疗效判定：如果有条件，在治疗前作基线病毒载量检测是有必要的，便于观察抗病毒治疗后病毒抑制效果。开始治疗16周时，所有初次抗病毒治疗患者的病毒载量应低于检测下限，如治疗6个月后，病毒载量仍没有低于检测下限，应结合临床仔细需找原因（依从性、药物相互作用等），以考虑是否治疗失败及调整治疗方案。治疗开始后应每半年检测一次病毒载量，评估治疗效果，如载量出现变化，应结合临床寻找原因及时调整治疗方案。

2、HIV耐药基因检测

临床意义

 ①新诊断的患者：不管患者是否会很快进行抗病毒治疗都主张在确诊后先进性耐药检测。已经证实耐药HIV毒株能够传播给从接收过治疗的患者，使这些患者从一开始就获得原发性耐药，被称为传播耐药。传播耐药和患者的治疗失败有关，对这类患者进行耐药检测有助于选择能够取得最大病毒抑制效果的治疗方案。
②接受抗病毒治疗患者：对于接受抗病毒治疗的患者在改变抗病毒治疗方案时，病毒学应答失败(HIV RNA>1000 copies／mL)或病毒抑制不理想时,都应进行耐药检测，以判断是否发生耐药以及对哪种药物耐药，从而指导选择有活性的抗HIV药物进行后续治疗。对于HIV RNA为500-1000copies／mL的患者，耐药检测的难度比较大，但仍应尽量进行；对＜500copies／mL的患者则不建议进行耐药检测。
③孕妇：所有孕妇在开始抗病毒治疗前都应进行基因型耐药检测，抗病毒治疗的目的是最大程度降低血浆病毒载量并预防HIV母婴传播，首要目的是取得最大程度的病毒抑制。所以孕妇开始抗病毒治疗前应进行基因型耐药检测，对已接受治疗而HIV RNA仍能检出的孕妇也应进行耐药检测。
④耐药只是治疗失败的可能原因之一，并且与其他导致治疗失败的因素，包括药物的抗病毒活性不足、服药依从性差及个体药物代谢动力学差异等密切相关。因此不能孤立地看待耐药检测结果，而应将其放在病毒载量和CD4+T淋巴细胞计数的变化、临床表现及其他检验项目改变的背景下分析。耐药检测结果的解释必须结合既往治疗史、血浆病毒载量的长期变化及依从性的程度。

（未完待续）